Napriek tomu, že sa ocitli v skupine A, európska strana stroskotala po tom, čo v zápasoch proti Južnej Kórei, Južnej Afrike a Mexiku nazbierala iba jeden bod. K urážke zranenia pridal aj stredopoliar Tomáš Souček, ktorý opustil Severnú Ameriku o barlách, pretože si na ihrisku počas stretnutia s Mexikom poškodil koleno a členok. Koubek zastával túto pozíciu od decembra a doviedol Česko do kvalifikácie MS cez dve penaltové víťazstvá nad Dánskom a Írskom v play-off.
Napriek tomu, po necelých šiestich mesiacoch na čele, oznámil svoju rezignáciu, pričom vo svojom vyhlásení o odchode kritizoval to, čo považoval za „polopravdy“, ktoré kolovali počas celého turnaja.
V oznámení o rezignácii uviedol: „Po neúspechu na svetovom šampionáte, za ktorý nesiem ako hlavný tréner spoločnú zodpovednosť, som po zvážení všetkých okolností dospel k záveru, že svoju funkciu ponúknem prezidentovi FAČR Davidovi Trundovi.
„Prezident po vzájomnej debate a konzultácii môj návrh akceptoval. Dôsledkom je ukončenie môjho pôsobenia pri národnom tíme. K môjmu rozhodnutiu prispela aj mediálna kampaň postavená na sérii poloprávd a výmyslov na moju osobu. V tomto smere som sa rozhodol, že sa mi to podarí.“
„V tejto atmosfére by moja práca pre českú reprezentáciu už nemala zmysel. Chcel by som poďakovať predsedovi Davidovi Trundovi a Výkonnému výboru FAČR za dôveru, ktorú do mňa vložili.“
„Ďakujem aj Pavlovi Nedvědovi za spoluprácu, všetkým členom realizačného tímu a pracovníkom Futbalovej asociácie Českej republiky za enormné nasadenie a predovšetkým hráčom. Bolo pre mňa veľkou cťou viesť českú reprezentáciu.“
„Mrzí ma, že po získaní poznatkov z majstrovstiev sveta sa mi nepodarí naplniť konkrétne a jasné vízie, ktoré som mal o ďalšom pôsobení pri národnom tíme. Veľké poďakovanie patrí aj fanúšikom. Ich podpora počas celej cesty do kvalifikácie i na samotných majstrovstvách sveta bola mimoriadna a nikdy na ňu nezabudnem.“
„Českej reprezentácii a môjmu nástupcovi želám ďalšie úspechy v napredovaní. Budem im držať palce ako každý český futbalový fanúšik.“
Jeho odchod prichádza tesne po rezignácii juhokórejského šéfa Hong Myung-boa. Juhokórejský šéf, ktorý sa postaral o triumf 2:1 proti Čechom na začiatku turnaja, odstúpil po porážkach 1:0 s Mexikom a Južnou Afrikou, ktoré ukončili ich nádeje na vyraďovaciu fázu.
Na začiatku turnaja bol tuniský šéf Henryk Kasperczak odvolaný len po jednom zápase Svetového pohára, v ktorom jeho tím utrpel výprask od Švédska 5:1.